Херцог снял свой первый фильм «Геракл» в 1961 году, будучи студентом Мюнхенского университета, когда ему было всего 19 лет. В 1966 году Херцог уехал в США, где получал образование в Университете Дюкесн (Duquesne University) в Питтсбурге. За свою жизнь он снял более сорока фильмов, поставил множество опер, опубликовал десятки книг. Херцог снял пять фильмов с участием немецкого актёра Клауса Кински: «Агирре, гнев божий» (1972). Впоследствии он снялся ещё в четырёх фильмах: «Носферату — призрак ночи» (1978), «Войцек» (1979), «Фицкарральдо» (1982), «Кобра верде» (1988). В 1999 году он снял документальный фильм Мой любимый враг о своих сложных взаимоотношениях с Клаусом Кински.